Η πανίδα της Σάμου είναι αρκετά πλούσια, πράγμα που οφείλεται στη βλάστηση, τα βουνά της και τα νερά της.
Ο αριθμός των ειδών των εντόμων, είναι πολύ μεγάλος πράγμα που οφείλεται στην πλούσια βλάστηση, στην οποία, τα περισσότερα παρασιτούν.
Απ’ τα αμφίβια υπάρχουν η Μπράσκα, (Bufo bufo) ο Φρύνος,(Bufo viridis) ο Μπακακάς (Rana ridibunda) και σε μικρότερους πληθυσμούς ο Δενδροβάτραχος (Hyla arborea)
Υπάρχουν οι νεροχελώνες (Emys orbicularis, Mauremys caspica και Testudo graeca), επίσης πολλές φορές στις αμμώδεις παραλίες του κόλπου του Μαραθοκάμπου και στις δυτικές περιοχές, έχουν εμφανιστεί θαλάσσιες χελώνες.
Σαύρες υπάρχουν πολλών ειδών στη Σάμο, απ’ τις οποίες οι κυριότερες είναι το Σαμιαμίδι (Hemidactylus turcicus) ο Κουρκούδιαλος, (Laudakia stellio), που μοιάζει με μικροσκοπικό κροκόδειλο, ο Χαμαιλέων,(Chamaeleo chamaeleon) η Σαύρα της Σάμου,(Lacerta anatolica aegaea), που υπάρχει μόνο στη Σάμο και τις απέναντι περιοχές της Μικράς Ασίας, και αρκετές άλλες. Και φίδια έχει πολλά, το μεγαλύτερο είναι η Δενδρογαλιά (Coluber caspius) που το μήκος της ξεπερνά τα δυο μέτρα.
Επικίνδυνα φίδια είναι η Οχιά (Vipera xanthina) και ο Αστρίτης, τα μοναδικά δηλητηριώδη απ’ όσα υπάρχουν στη Σάμο.
Όπως αναφέρουν στο βιβλίο τα «ζώα της Σάμου» οι Αχ. Δημητρόπουλος, Μαρ. Δημάκη και Γιαν. Ιωαννίδης, «Συνολικά στη Σάμο παρατηρήθηκαν 139 είδη πουλιών από τα οποία 39 παραμένουν όλο το χρόνο στο νησί, 28 ξεχειμωνιάζουν, ενώ περνούν κατά την μετανάστευση. Είκοσι έξι (26) είδη φωλιάζουν στο νησί ενώ για άλλα 20 είδη δεν είναι πιστοποιημένο ότι φωλιάζουν». Από τα ενδεικτικά θα αναφερθούν τα πιο γνωστά, τα οποία είναι το Φοινικόπτερο (Phoenicopterus ruber), Κιρκίρι (Anas crecca), Βραχοκιρκίνεζο (Falko tinnuculus), το γνωστό γεράκ, Πέρδικα (Alectoris chikar), Μπεκάτσα (Scolopax rusticola), Γλάρος (Larus cacchinans), Αγριοπερίστερο (Colomba livia), Τρυγόνι (Streptopelia turtur), Δεκοχτούρα (Sireptopelia decaocto), Κουκουβάγια (Athene noctua), Μπούφος (Bufo bufo), Χελιδόνι (Hirudo rustica), Σουσουράδα (Motacilla glova feldegg), Κίσσα (Corrulus glantorius), Κουρούνα (Corvus corone), Κοκκινολαίμης (Erithacus rubecula), Κότσιφας (Turbus merula), Τσίχλα (Turbus philonelos), Σπουργίτης (Passer domesticus).
Από θηλαστικά υπάρχουν ο Σκαντζόχοιρος (Erinaceus concolor), ο Λαγός (Lerus europaeus), και το Τσακάλι (Canis aureus), υπάρχουν επίσης είδη της οικογένειας των Μυγαλιδών (Soricidae), Νυχτερίδες (Vespertilionidae), κάθε είδους τρωκτικά (Rodentia) και κουνάβια (Mustelidae).
Παλαιότερα υπήρχαν πολλές φώκιες (Monachus monachus) στις βραχώδεις παραλίες της Σάμου, σήμερα υπάρχουν λίγες στις βορειοδυτικές ακτές, στη θέση Σαϊτάνι και γι’ αυτό η περιοχή προστατεύεται και έχει χαρακτηριστεί ως βιολογικό πάρκο. Όπως ισχυρίζονται πολλοί ψαράδες, υπάρχουν και σε άλλες περιοχές της Σάμου. Η μείωση των πληθυσμών τους, όπως και των δελφινιών, δεν οφείλεται μόνο στην καταδίωξη τους απ’ τους ψαράδες και την ανθρώπινη παρουσία, αλλά κυρίως στην έλλειψη τροφής, λόγω της υπεραλίευσης και της μεγάλης μείωσης των αλιευμάτων [1].