Τα στοιχεία αποδεικνύουν ότι στη Σάμο κατοικούσαν άνθρωποι τουλάχιστον απ' την 3η χιλιετία π.χ. Η ιστορία του νησιού όμως αρχίζει τον 6ο π.χ. αιώνα την ονομαστή εποχή του Πολυκράτη [2][3].

Κατά την Αρχαιότητα

Πολύ σημαντικός ο πολιτιστικός ρόλος της Σάμου στην αρχαιότητα, τόσο στην Ιωνία όσο και σε ολόκληρη την αρχαία Ελλάδα.

Κατά την περίοδο του Πολυκράτη η Σάμος έγινε το κέντρο του Ιωνικού Πολιτισμού. Δημιουργήθηκαν τότε πολύ σπουδαία έργα και μνημεία όπως, το Ευπαλίνειο όρυγμα στο Πυθαγόρειο, τον ναό της Θεάς Ήρας, ανάκτορα και θέατρα.

Ιδρύθηκε βιβλιοθήκη από τον Πολυκράτη στην οποία φιλοξενήθηκαν αξιόλογα έργα. Η αυλή της βιβλιοθήκης είχε μετατραπεί σε πνευματικό κέντρο όπου φιλοξενούνταν κορυφαίες προσωπικότητες της διανόησης.

Πολύ γνωστός ήταν και ο στρατός που δημιούργησε ο Πολυκράτης καθώς και ο στόλος ο οποίος αποτελούνταν από τα ταχύτατα πλοία Σάμαινες). 

Ο Ηρόδοτος γράφει ότι τρεις ήταν οι πόλεις που κυριαρχούσαν στη θάλασσα, η Κνωσός του Μίνωα (15ος αιώνας π.χ.), η Σάμος (6ος αιώνας π.χ.) και η Αθήνα (5ος αιώνας π.χ). 

Έτσι ο Πολυκράτης είχε καθιερώσει τη Σάμο ως την πρώτη πόλη μεταξύ Ελλήνων και βαρβάρων και ήταν ο πρώτος που προσπάθησε να ενώσει όλους τους Έλληνες κατά των Περσών.

Μετά το θάνατο του Πολυκράτη (522 π.χ.) ακολούθησαν πόλεμοι και η Σάμος έγινε το επίκεντρο των αγώνων μεταξύ Ελλήνων και Περσών. 

Την εποχή του Περικλή (το 439 π.χ.) η Σάμος καταστράφηκε από τους Αθηναίους μετά από πολύμηνη πολιορκία [2][3][4].

Κατά τον Μεσαίωνα

Κατά τη βυζαντινή περίοδο η Σάμος, όπως και όλα τα νησιά, υπέστη μεγάλες καταστροφές από πολλούς επιδρομείς και πειρατές. 

Την εποχή των Σταυροφόρων το νησί πέρασε στους Ενετούς, στη συνέχεια επανήλθε στους Βυζαντινούς και τελικά κατέληξε το 1346 στους Γενουάτες 

Λόγω των πολλών πειρατικών επιδρομών, οι κάτοικοι άρχισαν να εγκαταλείπουν το νησί μέχρι που το 1476 την εγκατέλειψαν και οι τελευταίοι μαζί με τους Γενουάτες. Έτσι η Σάμος έμεινε σχεδόν έρημη, με λίγους κατοίκους που ζούσαν στα βουνά [6].

Κατά την Τουρκοκρατία

Ο τούρκικος στόλος πέρασε στη Σάμο το 1549 με ναύαρχο τον Κχιλίτς Αλή πασά. Ο πασάς θαυμάζοντας τις ομορφιές του νησιού θέλησε να επανακατοικήσει το νησί. Έδωσε πρωτόγνωρα προνόμια στους νέους κατοίκους, που έπρεπε να είναι Έλληνες και Χριστιανοί Ορθόδοξοι. 

Έτσι άρχισε η Σάμος να γεμίζει με νέους κατοίκους οι οποίοι ήρθαν από τα γύρω νησιά, τη Μικρά Ασία και λίγο αργότερα απ' την Πελοπόννησο και την Κρήτη, δημιουργώντας τα πρώτα χωριά [4]. 

Νεότερη Ιστορία

Το 1821 επαναστάτησε και η Σάμος κατά των Τούρκων. Οι λιγοστοί Τούρκοι που υπήρχαν στο νησί πρόλαβαν και έφυγαν και παρά τις επανειλημμένες προσπάθειες του Τουρκικού στόλου να κατακτήσει το νησί, δεν το κατόρθωσε.

Μετά την ίδρυση του Ελληνικού κράτους το 1827, οι τότε δυνάμεις (Αγγλία, Γαλλία και Ρωσία) δεν συμπεριέλαβαν τη Σάμο σ' αυτό, αν και ήταν ελεύθερη.

Το 1834 οι Σαμιώτες αντέδρασαν και οι μεγάλες δυνάμεις της έδωσαν μια μορφή αυτονομίας, Ηγεμονία, και την έθεσαν υπό την προστασία τους, με την υποχρέωση να πληρώνουν φόρο στην Τουρκία. 

Το καθεστώς αυτό διατηρήθηκε μέχρι το 1912 όπου και ενώθηκε με την Ελλάδα. Την περίοδο αυτή η Σάμος γνώρισε πολύ μεγάλη οικονομική άνθηση [2][3][5].